山东省应用微生物重点实验室围绕生态资源与战略、环保、农业等山东省重大战略需求和经济、生态、社会发展需求，以微生物资源挖掘与创新为导向，以促进生态可持续发展为宗旨，坚持原始创新与技术创新相结合，坚持国内外“产学研政用”多方位的开发联合，发展生态应用微生物创新体系，促进技术成果的产业化转移转化，打造科技创新价值全链条，服务于山东省经济社会发展。

作为山东省唯一一个以环境保护与生态修复为主要研究内容的省级重点实验室，构建了以泰山学者、黄河三角洲学者特聘专家、海外高层次人才为引领、中青年学术骨干为主的高水平的科研团队，确定了污染控制与环境修复、生态战略、面源污染修复、生态农业与环境微生物4个主要研究方向。目前实验室现有科研人员56名，固定科研人员44名，流动人员12名，泰山学者特聘专家1名，山东省有突出贡献中青年专家3人，高级职称38人，博士36人，硕士17人，逐步形成了国内有特色、国际有影响的科技创新力量。

实验室以科研为中心，在生态环保领域技术创新水平与社会服务能力不断增强。实验室研发的环境微生物制剂及生态修复技术，为我国生态环境保护、农业病害生物防治等领域提供了良好的技术支撑，形成了从技术研究、成果转化到示范应用为一体的科技创新和服务体系。 “石油污染土壤生物修复工程技术体系构建与应用”技术成果在胜利油田、辽河油田和吉林油田开展了工程化应用及推广，共建立了10余座处理示范工程，累计处理石油污染土壤12万t，取得经济效益1.43亿元，解决了长期困扰我国油田区石油污染土壤修复的工程技术难题。“环渤海生态敏感脆弱区生态修复关键技术创新与示范”进行了以耐盐植物新品种为主的中、重度盐渍土壤生态修复示范区建设，使区域内植物多样性增加12%，植物覆盖率增加30%以上,创建的原位生态修复模式在河北曹妃甸、山东东营等滨海盐土区推广应用28.25万平方米；培育的旱糯2号、柽柳、椒样薄荷等在山东、江苏、河北、宁夏、辽宁等地推广应用100余万亩，取得经济效益1.43亿元。“木霉菌生防资源评价与植物病害防控菌剂创制技术及应用”成果获得软件著作权2项，农药登记证5项，菌肥登记证5项，行业标准2项；生防制剂新增销售额3.27亿元，新增利润1.29亿元推广应用至全国16个省。“农田土壤农药污染微生物防控技术体系及应用”成果完成了两种菌剂的产品登记，累计生产高浓缩菌剂产品3195 吨，菌肥产品22500 吨，累积推广面积约204.8 万亩，减少化学农药使用量20%，提高作物产量10%以上，通过节支增收产生收益51.20 亿元。“山东省开展单位能耗产出效益评价的研究”成果推动了我省能源资源的优化配置，助推我省“十三五”煤炭消费压减约束性目标任务的顺利完成。